Другие журналы
|
научное издание МГТУ им. Н.Э. БауманаНАУКА и ОБРАЗОВАНИЕИздатель ФГБОУ ВПО "МГТУ им. Н.Э. Баумана". Эл № ФС 77 - 48211. ISSN 1994-0408
Решение задачи молекулярного докинга модифицированным методом роя частиц
# 04, апрель 2014 DOI: 10.7463/0414.0707258
Файл статьи:
Karpenko_A_P.pdf
(913.67Кб)
В работе представлены две модификации канонического метода роя частиц, имеющие целью повышение эффективности этого метода при решении многоэкстремальных задач оптимизации высокой размерности. Суть модификации PSO-M1 заключается в формировании двух новых точек притяжения для частиц роя (наряду с точками, отвечающими за инерциальную, когнитивную и социальную компоненты канонического метода). Указанные новые точки представляют собой лучшие точки наборов частиц-соседей данной точки. Модификация имеет целью диверсифицировать поиск. Все свободные параметры метода PSO-M1 (как и канонического метода) являются статическими. В отличие от этого, один из таких параметров модификации PSO-M2 является динамическим, так что данная модификация представляет собой пример самоадаптивного метода оптимизации. Модификация имеет целью интенсифицировать поиск. Вычислительный эксперимент по исследованию эффективности метода и его указанных модификаций при решении тестовых задач оптимизации показал преимущества предложенных модификаций по сравнению с каноническим методом, выявил превосходства модификации PSO-M2 как над каноническим методом, так и над модификацией PSO-M1. С помощью метода PSO-M2 решена 28-мерная задача докинга для молекул протеазы HIV1 и дарунавиром 3U7S в качестве молекул-рецептора и лиганда соответственно. Результаты вычислительного эксперимента показали, что метод PSO-M2 успешно находит положение лиганда, близкое к нативному и может быть рекомендован для решения задач молекулярного докинга как альтернатива генетическому алгоритму. Список литературы
Публикации с ключевыми словами: глобальная оптимизация, метод роя частиц, молекулярный докинг, протеазы HIV1, дарунавиром 3U7S Публикации со словами: глобальная оптимизация, метод роя частиц, молекулярный докинг, протеазы HIV1, дарунавиром 3U7S Смотри также: Тематические рубрики: Поделиться:
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
|